Plugin Taxonomie, les services web

Les services nécessaires au plugin Taxonomie

Le plugin Taxonomie utilise divers services taxonomiques, la plupart offrant une API web, à savoir :

• ITIS,
• Wikipedia,
• IUCN red list,
• GBIF.

Seul ITIS est indispensable au plugin car il fourni les données de base de chaque taxon et en particulier son identifiant unique, le TSN. Les autres services sont d’utilisation facultative, à la discrétion de l’utilisateur.

Pour éviter de surcharger les services web, le plugin Taxonomie adopte deux stratégies :

• utiliser un fichier téléchargé ou construit à partir du service concerné et embarqué dans le plugin (cas des fichiers d’importation des taxons du règne au genre pour ITIS) ;
• ou utiliser un cache pour stocker l’information fournie par le service et éviter de refaire appel pendant plusieurs jours voire semaines. Ces caches sont rechargés très rarement car les informations qu’ils contiennent changent peu. Une interface d’administration permet de les supprimer manuellement si besoin. Étant donné que l’on connait toujours le TSN quand on utilise ces actions, le fichier de cache est nommé de la façon suivante : ${service}[_${action}]_${tsn}[_${langue}].txt. Le nom de l’action et la langue sont optionnels.

Les services peu utilisés ou fournissant une quantité limitée de données sont utilisés directement au travers d’une encapsulation de l’API du service sans cache intermédiaire. Dans la suite de l’article, pour chaque fonction il sera précisée le mode de gestion adopté.

Le service ITIS

select v.tsn, v.vernacular_name
from vernaculars as v, taxonomic_units as t
where v.language="English"
and t.kingdom_id in (3,4,5)
and v.tsn=t.tsn
order by v.tsn

select *
from taxon_unit_types
where kingdom_id=5
order by rank_id

Le service Wikipedia

Une fois le taxon inséré dans la base à partir de ses informations ITIS, il est donc connu par son identifiant unique et universel, le TSN. Il peut être complété par tout autre service taxonomique ou manuellement par les utilisateurs. C’est le cas du descriptif et du texte qui peuvent être initialisé par Wikipédia ou saisit directement par un utilisateur. Pour ce faire, Taxonomie définit une fonction d’API pour chercher et renvoyer le ou les articles dont le titre contient le nom commun ou le nom scientifique d’un taxon donné.

Le service IUCN red list

La Liste rouge de l’IUCN est un indicateur essentiel de la santé de la biodiversité mondiale. C’est un outil puissant pour informer et catalyser l’action pour la conservation de la biodiversité et le changement de politique, essentiel pour protéger les ressources naturelles dont nous avons besoin pour survivre. Il fournit des informations sur l’aire de répartition, la taille de la population, l’habitat et l’écologie, l’utilisation et/ou le commerce, les menaces et les mesures de conservation qui aideront à prendre les décisions nécessaires en matière de conservation.

Dans le plugin Taxonomie, le service fournit l’évaluation du danger d’extinction qui menace chaque espèce et qui est formulée par les groupes d’experts concernés, basée sur des critères bien définis, comme la taille de la population, la disparition de son habitat naturel et le nombre d’individus qui ont atteint la maturité.

La classification dans les catégories d’espèces menacées d’extinction s’effectue par le biais d’une série de cinq critères quantitatifs, basés sur des facteurs biologiques associés au risque d’extinction, à savoir : taux de déclin, population totale, zone d’occurrence et d’occupation, degré de peuplement et fragmentation de la répartition. Afin de rendre l’information finale obtenue la plus intelligible possible, une catégorie de risque d’extinction est alors attribuée à l’espèce. Le schéma ci-dessous illustre les valeurs possibles.

Le service GBIF

Le GBIF, Global Biodiversity Information Facility, est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements mondiaux ayant pour but de fournir à tous et partout un accès libre aux données sur toutes les formes de vie sur Terre.

Le réseau GBIF agrège toutes ces sources en utilisant des standards de données, incluant le Darwin Core, formant la base de l’index de GBIF.org qui regroupe des centaines de millions d’enregistrements d’occurrences d’espèces. Les fournisseurs de données donnent accès à leurs jeux de données grâce à des licences Creative Commons lisibles par des machines, permettant aux scientifiques, aux chercheurs et autres de réutiliser ces données dans environ cinq publications scientifiques révisées par les pairs (ainsi que dans des documents politiques ou de règlementation) chaque jour.

Le plugin Taxonomie utilise ce service pour acquérir les noms communs des taxons dans plusieurs langues et compléter ainsi les informations fournies par ITIS.